Відомо, що у квітні 1646 року в ній відбулась подія історичної ваги – прийнято Ужгородську церковну унію. В 1728 р. в результаті великої пожежі церква згоріла і більше не відбудовувалась.
Уперше руїни замкової церкви досліджувались у 1978 р. Тоді, під час проведення великих реставраційних робіт, що відбувались на території Ужгородському замку, було виявлено п’ятигранну апсиду з контрфорсами. Ці розкопки проводила Закарпатська археологічна експедиція під керівництвом Степана Пеняка. Розчистка фундаментів церкви й наукові роботи на її площі проводились із перервами і у наступні роки, до 1987 р. За цей період від завалів, і виключно до рівня підлоги, було розчищено апсиду, сакристію, менше половини площі центрального й бокового нефу, та частково поховальну споруду – крипту, що прибудована до південної стіни нефу.
Далі, після тридцятирічної перерви, дослідження були відновлені лише у 2018 році археологічною експедицією Ужгородського національного університету під керівництвом Володимира Мойжеса. За перший рік було розкопана площа апсиди. На наступний рік роботи продовжились у межах центрального нефу, на більшій його частині. Відтак, за два роки було досліджено площу біля 180 м². Тут було виявлено декілька крипт. Їх склепіння були зруйновані, ймовірно, ще у середині XVIII ст., під час пограбування. Тоді ж було знищено й наявні тут поховання. За межами крип, у ґрунті, зафіксовано більше 70 поховань XV–XVIІ ст. Окремі з них зазнали пошкодження під час пізніших похоронів або були перерізані стінами крипт чи іншими перебудовами. У ході проведених робіт зібрано чисельний речовий матеріал: уламки керамічних та скляних посудин, монети, зброя, елементи одягу та прикрас, культові предмети та ін. Ці знахідки, у поєднанні з іншими даними, дають необхідні, а головне достовірні свідчення про історію церкви та тогочасного населення краю.
Унікальні предмети, знайдені під час археологічних робіт, представлені на виставці «Артефакти середньовічної церкви Ужгородського замку». Пам’ятка на даний момент ще не до кінця досліджена, отже приховує не тільки багату історію, а ще й чисельний археологічний матеріал, повідомляють зав. сектору археології відділу історії та краєзнавства О. Ю. Шумовська та провідний програміст музею В. В. Габорець.
